Trường Cao Đẳng Dược Hà Nội chịu sự quản lý Nhà nước của Bộ Lao động thương binh và xã hội, về giáo dục của Bộ Giáo dục và Đào tạo, chịu sự quản lý về chuyên môn của Bộ Y tế. Về lâu dài, tùy theo xu thế phát triển và nhu cầu thực tế, có thể Trường trực thuộc Bộ ngành Trung ương quản lý. Trường có tư cách pháp nhân, có tài khoản và con dấu riêng.